September 2024: En kollega spurgte, om vi havde en fysisk model af DNA liggende? -Nej, men hvorfor ikke? Jeg researchede de sædvanlige kilder: Etsy, Thingiverse, 3dcults og Google. Ingen modeller som er gode eller til at betale for penge.
I et blogindlæg fra MIT fandt jeg en løs beskrivelse af en laserskåret 3d model. Ingen filer, men en tegning af brikkerne. Jeg vektoriserede tegningen i Inkscape og skar en pap-prototype af brikkerne. De passede sammen, men efter 2-3 basepar blev det klart, at modellen aldrig ville blive en spiral. Noget i modellen passede ikke sammen.
Efter 4-5 iterationer i pap kom jeg frem til nogle mål, som passer nogenlunde sammen (bl.a. ca. 36 grader mellem hvert nukleotid, og længden af bindingen mellem baserne).
Planen er, at skære baserne i 3mm mdf med tekst, og skære backbone samt bindinger i pap, så der bliver en vis fleksibilitet i modellen.
Jeg vil prøve at implementere:
- major og minor groove i modellen ved at lave stykker af backbone, som er kortere og længere.
- den antiparallel struktur bliver synlig.
- forskellen på AT og GC. Måske bindinger med hhv. 2 og 3 hydrogenbindinger.
- tydeligere adskillelse mellem fosfat og ribose, som p.t. er eet stykke.
- Undgå at basen ser ud som om, at den binder to nukleotider sammen (det er ribose, som gør det)
Det er stadig meget tvivlsomt, om eleverne kan samle modellen, men en kollega har lovet at teste det.
oktober 2024: Backbone blev opdateret med symboler inkl. 3′ og 5′. Hver base og backbone fik en pil, som skulle vise, hvilken retning brikkerne skulle samles. Siderne af DNA blev farvet hhv. brun og hvid for at gøre det nemmere at samle hver side.
Jeg lavede 10 sæt i pap a 8 basepar, som eleverne i 1g NV (grupper a 3) skulle samle. Der blev også lavet to samlede og limede modeller, som eleverne kunne kigge efter.
De fleste elever kunne ikke finde ud af det. Dels var deres viden om DNA meget begrænset. Dels var der mange kombinationer af brikker, hvorfor de havde svært ved at komme i gang. De få elever, som det lykkedes for, var dem, som sad med de limede modeller.
Jeg har nogle ideer til, hvordan eleverne kan komme i mål:
- Eleverne samle nukleotider først, og jeg skal tjekke, om de er korrekte.
- Fælles start af de første basepar.
- Ingen må tage de limede modeller, som skal stå, så alle kan se dem.
(opdateres nok)